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Service de Séquençage Nouvelle Génération
La plateforme génomique de l'IRIC offre un service de séquençage Nouvelle Génération de haute qualité pouvant générer avec précision plusieurs centaines de gigabases. À cet effet, La plateforme utilise la technologie de pointe Illumina. Sélectionnez un instrument pour voir les applications disponibles.
Illumina NextSeq 500
Voici les différentes options sur le NextSeq:
Spécifications pour 1 lame
| Nom du kit Illumina | Nb de pb séquencées | Nb de reads (fragments) |
|---|---|---|
| NextSeq 75 cycles High Output v2 | 75 | 400 M |
| NextSeq 150 cycles High Output v2 | 150 | 400 M |
| NextSeq 150 cycles Mid Output v2 | 150 | 130 M |
| NextSeq 300 cycles Mid Output v2 | 300 | 130 M |
Tous les kits NextSeq peuvent être utilisés pour du séquençage "paired-end".
Exemple:
Si vous utilisez le NextSeq 150 cycles High Output v2 pour un séquençage paired-end, vous obtiendrez 400M de reads de 75pb d'une extrémité (Read1), et 400M de reads de 75pb de l'autre extrémité (Read2) de vos fragments.
Applications :
- RNASeq
- Transcriptome
- Amplicons
- Petits ARNs (miRNAs)
- Exome
- Régions génomiques ciblées
- ChIP (immunoprécipitation de la chromatine)
- Séquençage de l'ADN génomique (Génome complet)
Illumina MiSeq
Voici les différentes options sur le MiSeq:
| Nom du kit Illumina | Nb de pb séquencées | Nb de reads maximum |
|---|---|---|
| MiSeq 300 cycles Nano v2 | 300 | 1 M |
| MiSeq 500 cycles Nano v2 | 500 | 1 M reads |
| MiSeq 300 cycles Micro v2 | 300 | 4 M reads |
| MiSeq Reagent Kit v2 (50-cycle) | 50 | 15 M reads |
| MiSeq Reagent Kit v3 (150-cycle) | 150 | 25 M reads |
| MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycle) | 300 | 15 M reads |
| MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycle) | 500 | 15 M reads |
| MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle) | 600 | 25 M reads |
Tous les kits MiSeq peuvent être utilises en paired end.
Le nombre de reads correspond au nombre de single-read ou au nombre de paired-end assemblées.
Séquençage d’amplicons
Si vous séquencez une librairie d’amplicons, nous ne pouvons pas garantir le maximum de reads si c’est la première fois que vous séquencez votre librairie avec nous. De plus, nous devrons peut-être ajouter du PhiX afin d’augmenter la diversité de la librairie.
Pour le séquençage d’amplicons, nous utilisons les indexes Nextera. SVP, nous contactez avant de faire votre amplification.
Applications :
- RNASeq
- Transcriptome
- Amplicons
- Petits ARNs (miRNAs)
- Exome
- Régions génomiques ciblées
- ChIP (immunoprécipitation de la chromatine)
- Séquençage de l'ADN génomique (Génome complet)
Documentation :
- Quantité et qualité des échantillions requises
- Couverture recommandée en fonction de type d'expérience
- Demande de soumission NGS
Pour plus d'informations et pour vous guider dans vos projets de séquençage, veuillez contacter:
nextgen@iric.ca
Pour toute question concernant les analyses bio-informatique, contactez:
bioinformatique@iric.ca
