Présentation

La plate-forme de génomique de l'IRIC offre une gamme de services combinant conseils et accès à des technologies de pointe. Elle sert les chercheurs de l'IRIC et de l'Université de Montréal dans le cadre de leurs projets de recherche et accueille aussi des scientifiques externes, en provenance du milieu universitaire et de l'industrie, dans le cadre de collaborations et d'ententes de recherche.

La plate-forme de génomique loge dans le Pavillon Marcelle-Coutu, dans un espace de 1 500 pi² qu'elle partage avec la plate-forme de criblage à haut débit.

Aperçu des services

L'équipe de génomique de l'IRIC exploite une variété de techniques afin de répondre aux besoins spécifiques des chercheurs. Elle vise aussi à développer et améliorer certaines méthodes de la génomique. Les services que nous offrons actuellement se résument comme suit :

Séquençage d'ADN
La plate-forme de génomique de l'IRIC traite différents types de matrices d'ADN, notamment les produits de PCR, les plasmides et les BAC (chromosomes artificiels de bactéries). Elle offre aussi un service d'analyse de séquences qui comprend :

• la comparaison et l'identification de séquences
  (y compris la recherche de GeneBank par analyse de type BLAST)
• l'alignement de séquences de façon à former des contigs
• la détection de polymorphismes et de mutations

Génotypage
L'équipe effectue le génotypage de trois types de marqueurs :

• marqueurs PCR simples en fluorescence
• marqueurs polymorphiques microsatellites (STR)
• marqueurs polymorphiques d'un simple nucléotide (SNP)

Quantification haut débit du niveau d'expression génique
La plate-forme de génomique dispose d'un système de détection de séquence par PCR en temps réel qui permet de quantifier avec précision le niveau d'expression des gènes. Par le biais de différentes technologies – TaqMan Gene Expression Assays, SYBR green –, il est possible de mesurer le niveau d'expression d'un ou de plusieurs gènes à la fois. À l'aide de la nouvelle technologie TaqMan Low-Density Array d'Applied Biosystems, il est aussi possible de déterminer le profil d'expression de plusieurs centaines de gènes dans un même échantillon d'ARN.

L'équipe est également à la disposition des chercheurs pour les conseiller en ce qui a trait à l'approche expérimentale à privilégier dans le cadre d'un projet de recherche, aux méthodes à utiliser, à la sélection et à la conception de marqueurs ainsi qu'à la préparation d'échantillons.

Appareillage

Système d'analyse automatique d'ADN 3730 d'Applied Biosystems
La plate-forme de génomique de l'IRIC exploite un système d'analyse automatique d'ADN 3730 d'Applied Biosystems pour le séquençage et le génotypage à haut débit. Cet instrument, équipé de 48 capillaires (éventuellement de 96), peut effectuer en 24 heures quelque 1 100 séquences de 700 paires de base et plus, ou 550 séquences de plus de 850 paires de base. Il peut également effectuer plus de 40 000 réactions de génotypage en 24 heures. Il accueille des plaques 96 et 384 puits. Il est possible de programmer son mode de lecture (génotypage ou séquençage) d'une plaque à l'autre. Enfin, le séquenceur automatique 3730 peut faire la lecture et l'analyse de cinq fluorophores distincts simultanément.

Système PCR en temps réel 7900 HT Fast d'Applied Biosystems
Le 7900 HT Fast est un système haut débit de détection par PCR en temps réel capable de faire deux types d'analyse, soit l'analyse PCR en temps réel pour la quantification du niveau d'expression des gènes et l'analyse post-PCR (« End-point  ») servant à la détection des deux allèles d'un polymorphisme (génotypage). Le système est capable d'analyser simultanément 96 ou 384 échantillons et peut exploiter la nouvelle technologie « TaqMan low density array card  ». Il emploie deux procédés de détection, soit le SYBR Green et la nucléase fluorogénique 5' utilisée par les sondes TaqMan.

La source d'excitation de l'appareil est un laser à l'argon et la détection s'effectue à l'aide d'un spectrographe et d'un appareil photo CCD permettant une lecture continue des longueurs d'onde de 500 à 600 nm et la détection simultanée de plusieurs fluorophores. Le système de détection 7900HT Fast est capable de traiter 5 000 réactions de PCR quantitatif en temps réel en 24 heures et plus de 10 000 réactions de génotypage (détection de polymorphismes) à l'heure. Lors d'une réaction de PCR en temps réel, l'appareil est capable de faire la distinction entre deux échantillons dont l'un possède 5 000 copies d'ADN et l'autre 10 000, avec un niveau de confiance de 99,7 %.