Question fréquentes

  1. Pourquoi ma réaction de séquençage ne fonctionne-t-elle pas (NNNNN)?

    Lorsqu'une réaction de séquençage ne fonctionne pas du tout, il est difficile de déterminer la cause exacte, mais voici certaines possibilités :

    • Quantité d'ADN insuffisante (quantifier l'ADN et vérifier sur gel).
    • Mauvaise qualité d'ADN ou présence d'inhibiteurs contaminants comme des sels ou de l'éthanol (refaire la purification).
    • Quantité d'amorce insuffisante (refaire une dilution de l'amorce à 5 µM ou 5 pmol/µl).
    • L'amorce ne peut pas se lier ou la séquence de l'amorce est incorrecte (revoir le design et la position de l'amorce).

    Le protocole que nous utilisons n'est pas optimisé pour séquencer des régions avec des longues répétitions de nucléotides ou des structures secondaires (ex. hairpin). Parfois, le séquençage fonctionne très bien quand même, mais nous offrons une formule améliorée pour ce genre de réactions, où nous modifions certains paramètres, dont l'ajout de DMSO.

  2. La concentration de mon vecteur est plus faible que 200ng/µl, est-ce que le séquençage va fonctionner quand même?

    De façon générale, le séquençage fonctionne bien avec une concentration à partir de 100 ng/µl (avec le protocole que nous utilisons).

    Cependant, il ne s'agit pas d'une concentration optimale. La fiabilité des mesures de concentration et de pureté de l'ADN varient d'un appareil et d'un protocole d'extraction à l'autre. C'est pourquoi nous demandons une concentration entre 200 et 300ng/µl, valeurs où les meilleurs résultats sont observés. Par contre, rien ne vous empêche de valider votre méthode personnelle afin de déterminer quelle concentration d'ADN est suffisante pour votre séquençage.

    À noter qu'il est impossible pour nous d'utiliser un plus grand volume d'ADN lorsque la concentration est insuffisante car le volume total de la réaction de séquençage est limité (5µl).

  3. Est-ce que vous séquencez de l'ADN génomique?

    Non. Vous devez amplifier la région d'intérêt par PCR, et ensuite purifier et envoyer le produit PCR pour séquençage.

  4. Quelles sont les amorces que vous fournissez?

    Les amorces que nous fournissons sont T7+ (promoteur), T7- (reverse), M13+, M13-, T3, SP6.

    T7+        5'- TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG -3'
    T7- 5'- GCT AGT TAT TGC TCA GCG G -3'
    M13+ 5'- TGT AAA ACG ACG GCC AGT -3'
    M13- 5'- TCA CAC AGG AAA CAG CTA TGA C -3'
    T3 5'- ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA -3'
    SP6 5'- GAT TTA GGT GAC ACT ATA G -3'


  5. Quand mes résultats seront-ils prêts?

    À partir du moment où nous recevons les échantillons, comptez environ deux jours ouvrables. Vous serez avisé par courriel lorsque vos résultats seront disponibles sur le site internet.

  6. Est-ce que vous pouvez reprendre un séquençage?

    Si un séquençage n'a pas fonctionné du tout et que vous êtes certain de la concentration et la pureté de l'ADN, ainsi que de la présence du site de liaison de l'amorce demandée, nous pouvons reprendre certaines réactions.

  7. Est-ce que j'ai besoin d'un numéro de PO?

    Le numéro de PO est optionnel, et sera inscrit sur la facture qui vous est envoyée à chaque mois. Si nécessaire, veuillez obtenir un numéro de PO ouvert auprès de votre administration et communiquer avec nous pour les détails.

  8. Est-ce que je dois envoyer le formulaire par courriel?

    Puisque la soumission des requêtes de séquençage s'effectue maintenant à travers notre formulaire en ligne, vous n'avez plus à envoyer votre formulaire par courriel.
    Vous DEVEZ cependant accompagner vos échantillons du formulaire PDF complété lors de leur dépot à la plate-forme, nous en avons besoin pour planifier le séquençage et assurer une rapidité dans le traitement des requêtes
    Si vous n'accompagnez pas vos échantillons de votre formulaire, vos échantillons ne seront pas traités.

  9. Est-ce que je dois purifier mes échantillons?

    La purification de l'ADN plasmidique est essentielle et un ADN qui contient des contaminants peut poser problème lors du séquençage. Les produits PCR doivent aussi être purifiés pour se débarrasser des amorces et des nucléotides non incorporés.

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